SimpleITK基本概念

SimpleITK是ITK的简化接口，有多种语言接口，python版本安装pip install SimpleITK，其官文文档为:SimpleITK文档

使用SimpleITK读取文件

医学图像中常用的格式有.dcm，.nrrd，.nii，.mhd，这几种格式的读取方式都是一样的。在这里主要介绍读取.dcm格式的文件。SimpleITK读取.dcm文件有两种方式：

  • 传入文件夹路径，SimpleITK自动读取文件夹中所有.dcm文件，返回一个slice数组
  • 传入每个slice的路径，自己分别加载后再合并。

读取文件夹中所有DICOM序列

  • 对于这种方法，即便dicom文件不是按照z轴顺序存储的，也可以得到自动按照z轴排序的文件
  • 第一种方法和第二种方法得到的切片顺序是相反的

    第一种方法

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    import SimpleITK as sitk
    import numpy as np
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(path)
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image = reader.Execute()
    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)     # (z,y,x): z:切片数量,y:切片宽,x:切片高

第二种方法

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path = ""
slice_read = [sitk.ReadImage(path+'/'+s) for s in os.listdir(path) if s.endswith('.dcm')]
slice_read.sort(key=lambda x: float(x.GetOrigin()[2],reverse=True))
image = np.stack(sitk.GetArrayFromImage(slice) for slice in slice_read) #(z,x,y) 和上面不同

读取单个DICOM单张图片

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import SimpleITK as sitk
import numpy as np
image = sitk.ReadImages(slice_path)
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)   #(z,y,x) 这里的z = 1,因为只读取了一张slice
```  

也可以只读取图片的一些特定信息：
```python
import SimpleITK as sitk
image = sitk.ReadImages(slice_path)
image.GetSize()
image.GetOrigin()           # 得到的坐标顺序是 (x,z,y)
image.GetSpacing()          # 得到的坐标顺序是 (x,z,y)
image.GetDirection()

将dcm数据存成.png

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def window_pro(img,upper=500,lower=-1200):
    img[img>upper] = upper
    img[img<lower] = lower
    return img

def normalize_255(img):
    ymax = 255
    ymin = 0
    xmax = np.max(img)
    xmin = np.min(img)
    norm_img = np.asarray((ymax - ymin) * (img - xmin) / (xmax - xmin) + ymin, np.uint8)  # -->[0,255]
    return norm_img

def get_dcm(dicom_dir):
    '''
    读取某文件夹内的所有dicom文件,并提取像素值(-1200~500),然后将数值映射到(0~255)
    :param src_dir: dicom文件夹路径
    :return: image array
    '''
    reader = SimpleITK.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_dir)
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image = reader.Execute()
    img_array = SimpleITK.GetArrayFromImage(image)
    window_pro(img_array)     #  并提取像素值(-1200~500)
    normalize_255(img_array)  #  将数值映射到(0~255)
    return img_array

def dcm2png(img_array,save_dir):
    '''
    读取某文件夹内的所有dicom文件,并提取像素值(-1200~500),然后将数值映射到(0~255)
    :param save_dir: 保存png文件路径
           img_array: 通过get_dcm得到的dcm图片数组
    :return: None
    '''
  for i in range(img_array.shape[0]):
    Image.save(save_dir+"/"+str(i)+".png",img_array[i])

参考博客